Ex04 VASP输入输出文件

Ex04 VASP输入输出文件

Ex04 VASP输入输出文件

基本的输入文件,指的是VASP计算必不可少的输入文件,对新手来说先记住这四个文件的名字:INCAR,KPOINTS,POSCAR,POTCAR。具体是干嘛用的?不懂的话不要紧,后面我们会结合例子,慢慢介绍这几个文件的准备工作。

基本概念

准备输入文件, 脑子里要有下面几个概念:

Rubbish in,Rubbish out! 程序只负责算,对错由你决定!错误主要有3类:

模型错误:也就是建模这一块出错了,主要对应的是POSCAR;

计算参数:INCAR,KPOINTS,POTCAR

提交任务的脚本或者命令出错。

遇到不懂的参数: (思考 + 看官网) + (思考 + 看官网) + (思考 + 看官网)!

重要的话说三遍,尽量不要去看网上那些乱七八糟的教程。如果英语不好,那么这是一个锻炼你阅读能力的好机会。通过查阅官网解决问题,可以保证你的血统纯正,进而提高你的杀伤力。

所有的输入文件都只是文本而已。这句话的意思是:所有的输入文件都可以通过文本编辑器打开,比如:Linux下面可以用Vim; Windows下用Notepad++; 还是那句话:尽量避免或者杜绝使用Windows自带的文本编辑器:记事本,写字板。

所有的输入文本没有尾缀,Windows用户可能习惯了带各种各样尾缀的文件,但是vasp里面的输入文件,没有尾缀且都是文本。 比如你使用Notepad++这个文本编辑器写了一个输入文件,直接并保存成 INCAR就可以了。如果不小心保存成了 INCAR.txt,那么直接将尾缀.txt删除即可。

再次强调:对于Windows用户,本书中指的文本编辑器是:Notepad++。免费的软件,大家自己下载并安装。 请不要用写字板,记事本等编辑VASP的输入文件。如果你不听话,还是喜欢用它们,那么:

出错,自己负责,有时候你会死的很惨,折腾很久可能都找不到哪里出错了;

出错,自己检查有没有在提交任务前运行:dos2linux 这个命令转换下格式

一步一步按照本书的练习进行操作,有问题,先记下来,如果后面没有得到解答,去《序言》找联系方式咨询大师兄。

VASP输入和输出文件

有了上面的概念,我们就可以准备输入文件了。下面是官网列出VASP的输入和输出文件,in 代表输入,out代表输出。先声明一下:大家不要被下面这么多文件吓傻了,脑子里有个印象就行,很多文件可能穷奇你一生的计算都用不到,而且你以后会花很多时间在删这些乱七八糟的文件上面。对于新手的话,大家先简单过目一下即可。可以理解为,从未开过车的你,一下子钻到车里,首先要做的就是熟悉车内部的环境,具体什么功能、怎么回事,后面慢慢摸索。

INCAR in **

STOPCAR in

stout out

POTCAR in **

KPOINTS in **

IBZKPT out

POSCAR in **

CONTCAR out

CHGCAR in/out

CHG out

WAVECAR in/out

TMPCAR in/out

EIGENVAL out

DOSCAR out

PROCAR out

OSZICAR out

PCDAT out

XDATCAR out

LOCPOT out

ELFCAR out

PROOUT out

对于VASP计算来说,前面这一大堆中的 INCAR , KPOINTS, POSCAR 和POTCAR 是必不可少的输入文件,必须有!

INCAR 告诉VASP算什么,怎么算。

KPOINTS 包含计算的K点信息(K点是什么,这个问题很抽象,脑子里先记住,计算的时候必须有这个东西)。VASP中也可以在INCAR中设置KPOINTS。但在涉及到计算能带的特殊K点时候,INCAR中就不可以直接设置了。所以,在本书中,KPOINTS是认为必须有的。请不要再纠结这个问题,也不要专门找我争论这个问题。如果你认为可以没有,那就是可以没有。至少本书中,我们会介绍KPOINTS文件的准备工作。

POSCAR是计算模型结构的文字描述,也就是各个原子在xyz方向的坐标信息。

POTCAR对应的是计算过程中每个原子的平面波基组,描述体系中对应的原子核和电子的相关信息。

提交任务的脚本或者命令,需要你自己准备,没有在列表里面。

相关的脚本

刚接触计算,肯定很多人听说过用脚本可以节省很多的时间。但是对于新手来说,大师兄推荐的是先学习自己写输入文件,了解参数的具体功能,然后尝试着学习bash或者Python语言写脚本,进而去实现针对自己特定需求的脚本。Github,视频网站,公众号里面或其他网站上都有各种各样的脚本,在自己不懂得参数具体含义的情况下,贸然使用他人的脚本,是非常不理智的行为。一方面脚本可能很老了,有些甚至是针对于VASP4.X版本的,最新的VASP已经出到6.3版本了。另一方面,别人脚本可能也会有错误,这里的错误指的是不适合你的体系。

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